Раёсати илм ва инноватсия фаъолияти мухталиф ва гуногунҷабҳаи илмӣ-тадқиқотиро дар Донишгоҳ танзим менамояд. Он соли 1991 баъди ба Донишгоҳ табдил ёфтани Донишкадаи давлатии омўзгории шаҳри Хуҷанд таъсис ёфтааст. Нахуст ҳамчун сектори илмӣ-тадқиқотӣ амал карда, аз соли 2001 ба шуъбаи илмӣ-тадқиқотӣ, соли 2012 ба Раёсати корҳои илмӣ-тадқиқотӣ ва аз соли 2016 ба Раёсати илм ва инноватсия табдил ёфт. Дар ҷараёни фаъолияти раёсат иҷрои супоришњои Вазорати маориф ва илми Ҷумҳурии Тоҷикистон, баргузории конфронсҳои илмӣ, таъмини иҷрои нақшаҳои марбут ба фаъолияти илмӣ, аз ҷумла барномаи дурнамои корҳои илмӣ-тадқиқотӣ, нашри асарҳои илмӣ ва дастуру раҳнамоҳои таълим, нақшаи тайёр кардани кадрҳои соҳибунвон ва амсоли онҳо пешбинӣ шудааст. Танзими семинарҳои илмӣ ва маҳфилҳои илмии донишҷўён низ дар шумори масоили муҳимми низоми фаъолияти Раёсати илм ва инноватсия қарор доранд.Назорати иҷрои Барномаи дурнамои корҳои илмӣ-тадқиқотї, ки барои панҷ сол як маротиба қабул ва дар Шурои олимони Донишгоҳ тасдиқ мегардад, муҳимтарин самти фаъолияти Раёсат маҳсуб меёбад. Агар то соли 2005 аз ҷониби кафедра ва факултетҳо беш аз 60 мавзуъ ба меҳвари таҳқиқ гузошта шуда бошанд, бо мақсади танзими дуруст ва иҷрои корҳои мушаххас дар барномаи дурнамои корҳои илмӣ-тадқиқотї ин шумора ба беш аз 80 мавзуи бисёрҷабҳаи илмӣ расонида шуд.

Ҳамасола аз ҷониби раёсат беш аз 100 конфронси илмии сатҳи мухталиф, нишасту суҳбатҳо доир мегардад. Баргузории конфронсҳои байналмилалӣ, ҷумҳуриявӣ ва вилоятӣ бахшида ба ҷашну санаҳои муҳимми таърихӣ аз муҳимтарин самтҳои фаъолияти Раёсати илм ва инноватсия маҳсуб меёбад.

Дар назди Раёсати илм ва инноватсия ду шуъбаи алоҳида – шуъбаи тайёр кардани кадрҳои илмӣ ва илмӣ-педагогӣ ва шуъбаи табъу нашр амал мекунад. Гузашта аз ин, дар назди Раёсати илм ва инноватсия нашри фаслномаи «Номаи Донишгоҳ» (аз соли 1948 нашр мешавад) дар бахшҳои гуманитарӣ ва табиатшиносӣ ба роҳ монда шудааст, ки соле чаҳор маротиба ба нашр мерасад.

Ба сохтори Раёсати илм ва инноватсия шуъбаҳои докторантура, магистратура, маркази технологияи иттилоотӣ, китобхонаи марказӣ, институтҳои илмӣ-тадқиқотӣ, парки технологӣ, МД-и маҷаллаи илмии “Номаи Донишгоҳ”-и МДТ-и “ДДХ ба номи академик Бобоҷон Ғафуров” дохил мешаванд. Дар назди раёсат Шурои татбиқ ва нашри корҳои илмӣ-тадқиқотӣ, Шурои олимон ва ихтироъкорон амал мекунад.

Ҷамъияти илмии донишҷўён барои ҷалби донишҷўёни Донишгоҳ ба корҳои илмӣ-инноватсионӣ машғул мебошад. Семинарҳои илмї дар назди кафедраҳо пайваста амал мекунанд, ки ҷиҳати татбиқи барномаи дурнамои илмии кафедраҳо шароит фароҳам меоваранд.

Дар доираи фаъолияти Маркази донишҷўёни болаёқат ҳар сол як маротиба корҳои илмии донишҷўён, аз ҷумла тарҷумаҳои донишҷуёни факултетҳои забонҳои хориҷӣ ва филологияи рус таҳти унвони “Раҳоварди донишҷў” ба нашр мерасад.

Раёсати илм ва инноватсия дар иҷрои лоиҳаҳои илмӣ (мавзуъҳои супоришӣ) ҳамасола корҳои муайянеро ба анҷом мерасонад.

Саҳми донишмандони Донишгоҳ, мисли профессорон Умеда Ғаффорова, Матлубаи Мирзоюнус, Толиб Ҳобилов, Садриддин Абдураҳимов, Маќсудҷон Умаров, Абдураҳмон Қодирзода, Абдулаҳад Ќодиров, Меҳринисо Абдуллоева, дотсентон Ёќубҷон Дадоҷонов, Саодат Раҷабзода ва дигарон дар таҳия ва амалисозии мавзуъҳои буҷавӣ назаррас аст.

Аз оғози фаъолият то имрўз вазифаи сардории раёсати илмро Р.Аҳмадов, Ғафурҷон Усмонов, Турдибой Турдиев, Нуралӣ Нуров, Мусо Олимҷонов, Субҳон Аъзамов, Баҳром Мирсаидов, Нодира Дадобоева, Эҳсон Раҷабов, Ромез Абдуллоев ба уҳда доштанд. Аз моҳи августи соли 2025 доктори илмҳои филологӣ Мусо Олимҷонов дар вазифаи сардори Раёсати илм ва инноватсия фаъолият мебарад. Дар танзими кори раёсат ҳамзамон дар солҳои мухталифи фаъолият кормандоне чун Музаффар Муҳаммадҷонов, Гулсара Ҷарқинзода, М.Умарова, Матлуба Сатторова, М.Носирова, Файзулло Баҳриев, Дилрухсор Фармонова, Муниса Ҳафизова, Маҳфуза Маннонова, Фирўза Шамсиддинова, Сироҷиддин Ҳакимхўҷаев, Боҳир Раҷабов, Меҳинбону Бобоҷонова, Барно Бобоева, Мавҷуда Саидова ва дигарон саҳм гузоштанд.