Дар МДТ "Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Бобоҷон Ғафуров" дар қатори донишҷўёни дараҷаи бакалавриат магистрантон низ таҳсил намуда, фаъолияти илмӣ-тадқиқотӣ мебаранд. Аз ҳамин лиҳоз, дар асоси қарори Шўрои олимони ДДХ ва фармони ректори донишгоҳ бо мақсади саривақт ва самаранок иҷро намудани қарорҳо, дастуру супоришҳо, фармоишҳои Вазорати маориф ва илми Ҷумҳурии Тоҷикистон аз санаи 30.11.2013 №4 дар ДДХ ба номи академик Бобоҷон Ғафуров шуъбаи магистратура (№110, аз 12.03.2014) таъсис дода шуд.

Соли таҳсили 2012-2013 нахустин бор дар Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Бобоҷон Ғафуров магистрантон аз рўи 24 ихтисос ба магистратура қабул шуданд. Тибқи нишондодҳои оморӣ теъдоди магистрантон сол аз сол афзуда истодааст ва ҳоло дар магистратура шумораи муҳассилин наздик ба 500 нафар расидааст.

Барои ба даст овардани чунин натиҷаҳои назаррас аз тарафи кормандони шуъба корҳои тарғиботиву ташвиқотӣ, ба монанди гузаронидани машварат ва вохўриҳо бо хатмкунандагони факултетҳо, аз чоп баровардан ва паҳн намудани варақаҳои хусусияти ташвиқотиву тарғиботидошта, эълонҳои мунтазам дар матбуот, радио ва телевизион, мактубҳои расмӣ ба ректорони макотиби олии вилоят ба роҳ монда мешавад.

Соли хониши 2013-2014 аввалин магистрантон донишгоҳро хатм намуда, соҳиби дараҷаи магистри илмҳо гардиданд.

Ҳар сол шуъбаи магистратура бо мақсади ҳавасмандгардонии магистрантон барои дар сатҳи баланди илмӣ омода намудани рисолаҳои магистрӣ озмунҳои гуногун ба монанди «Магистранти беҳтарин», «Кори илмӣ-тадқиқотии актуалӣ» ва ғайраҳо дар асоси Низомномаи озмунҳои зикргардида гузаронида, ғолибон бо мукофотҳои ректори донишгоҳ сарфароз мегарданд. Инчунин, ҳар конференсия илмӣ-амалии вилоятии магистрантон таҳти унвони “Мақоми ҷавонон дар рушди илм” баргузор мегардад ва дар магистрантону олимони ҷавони на танҳои Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Бобоҷон Ғафуров, балки муҳаққиқони ҷавони дигар донишгоҳҳову донишкадаҳои вилояти Суғд ширкат варзида, ҷойҳои намоёнро дар ду бахш – ҷомеашиносӣ ва табиӣ-риёзӣ ишғол менамоянд.

Дар донишгоҳ байни магистрантон мунтазам семинарҳои омӯзишӣ роҷеъ ба корҳои илмӣ-тадқиқотӣ ва таҳияи рисолаҳои магистриву мақолаҳои илмӣбо иштироки олимони варзидаи донишгоҳ ташкил карда мешавад. Албатта ҳадаф аз ташкили чунин семинарҳобаланд бардоштани дараҷаи илмӣ-назарии мақолаҳову рисолаҳои илмии магистрантон маҳсуб меёбад.

Бо мақсади дастгирии магистрантон дар чопи натиҷаҳои корҳои илмӣ-тадқиқотӣ аз соли 2015 ин ҷониб шуъбаи магистратура нашри силсилавии маҷмўаи мақолоти магистрантонро аз рӯи бахшҳои ҷомеашиносӣ ва табиӣ-риёзӣ таҳти унвони “Армуғони навроҳони илм” ба роҳ мондааст. Ҳар сол мақолаҳои илмии магистрантон на танҳо дар маҷмўаи зикргардида, балки дар маҷаллаҳои илмие, ки аз ҷониби КОА Федератсияи Русия эътироф гардидаанд, аз чоп баромада, зиёда аз 200 рисолаҳои магистрӣ ҳимоя мегарданд, ки аз ин шумора беҳтаринҳо барои идомаи таҳсил дар докторантураи PhD роҳхат мегиранд. Шоёни таҳсин аст, ки соли хониши 2016 -2017 45 нафар хатмкунандагони зинаи магистратура бо мақсади идомаи таҳсил ба аспирантура ва докторантураи PhD-и Донишгоҳи давлатии Хуҷанд дохил шуданд. Шумораи магистрантони хориҷӣ низ дар донишгоҳ кам нестанд, зеро чанд нафар муҳассилини зинаи магистратура аз давлатҳои Туркия, Кореяи Ҷанубӣ ва Афғонистону Ўзбекистон мебошанд ва барои идомаи таҳсил дар зинаи магистратура маҳз Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Бобоҷон Ғафуровро интихоб намудаанд.