Шуъбаи аспирантураи Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Бобоҷон Fафуров дар асоси қарори мушовараи Вазорати маориф ва илми Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 29-уми апрели соли 1993, № 2 - 12 таъсис дода шудааст. Шуъбаи аспирантура аз моҳи августи соли 1993 то имрўз фаъолият дошта, барои тарбияи кадрҳои илмӣ ва мутахассисони соҳибунвон мусоидат менамояд. Мудирони шуъба аз оғоз то с.2011 Г.М.Каримова, Ф.Fаниев, Ф.Очилова ва М.Т.Каримова буданд. Аз моҳи апрели соли 2011 ин вазифаро номзади илмҳои филологӣ, дотсент Г.С.Махкамова дар ўҳда дорад.

Аспирантураи донишгоҳ аз рўи ихтисосҳои математика, физика, химия, таърих, география, филология, педагогика ва иқтисодӣ кадрҳои педагогиро тайёр мекунад. Вобаста ба такмили барномаи таълим ва бо назардоштиэҳтиёҷи кафедраҳо дар аспирантура ихтисосҳои нав матраҳ гардид. Ҳоло аз рўи 26 ихтисос дар шуъбаи аспирантура кадрҳои илмии ҷавони соҳибунвон тайёр карда мешаванд. Ба корҳои илмии аспирантон докторони илм, профессорон роҳбарӣ мекунанд. Зиёда аз 50 нафар докторону номзадони илми Донишгоҳ роҳбарони илмии аспирантон ва унвонҷўён мебошанд. Шуъбаи аспирантура бо мақсади ба аспирантура қабул намудани кадрҳои болаёқат аз вазифаи муҳаққиқ-коромўз истифода мекунад. Аспирантоне, ки нақшаи инфиродиро дар вақташ иҷро мекунанд ва ба дастовардҳои назаррас ноил мешаванд, соҳиби идрорҳои номии Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон ва раиси вилояти Суғд мешаванд.

Тибқи фармоиши Вазорати маориф ва илми Ҷумҳурии Тоҷикистон дар донишгоҳ аз 13 июни соли 2008 докторантура аз рўи ҳафт номгўи ихтисос 01.01.01 – Таҳлили математикӣ, 01.04.01 – Физикаи эксперименталӣ , 01.04.07- Физикаи ҷисмҳои сахт, 10.01.03 - Адабиёти халқҳои кишварҳои хориҷӣ (адабиёти тоҷик),10.02.22-Забонҳои давлатҳои хориҷаи Аврупо, Осиё, Африқо ва мардуми бумии Амрико ва Австралия (забони тоҷикӣ), 07.00.02 -Таърихи Ватан, 13.00.02- Назария ва методикаи таълим ва тарбия (аз рўи ихтисосҳо) таъсис ёфтааст.

Ҳамзамон дар Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Бобоҷон Fафуров тибқи фармоиши Вазири маориф ва илми Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 27.04.2015, № 1015 докторантура аз рўи ихтисос таъсис ёфтааст. Ба докторантураи донишгоҳ аз рўи 20 номгўи ихтисос шаҳрвандоне, ки дорои дараҷаи академикии «магистр» мебошанд, қабул карда мешаванд. Докторантура аз рўи ихтисос барои тайёр намудани кадрҳои баландихтисоси илмӣ ва илмию педагогӣ бо додани дараҷаи илмии «доктори фалсафа (РhD)» , «доктор аз рўи ихтисос» мусоидат менамояд.

Аспирантура ва докторантура барои таҳсилоти муттасил, такмили ихтисоси илмию омўзгорӣ ва илмии шаҳрвандон ва дарёфти дараҷаи илмии номзад ё доктори илм шароит фароҳам меоварад.

Мувофиқи солҳо теъдоди ҳимояи рисолаҳои номзадӣ ва докторӣ ба таври зайл аст:

1993 - 2 рисолаи докторӣ, 10 номзадӣ

1994 - 1 рисолаи докторӣ, 10 номзадӣ

1995 - 1 рисолаи докторӣ, 5 номзадӣ

1996 - 3 рисолаи докторӣ,12 номзадӣ,

1997 - 17 рисолаи номзадӣ

1998 - 1 рисолаи докторӣ, 7 номзадӣ

1999 - 2 рисолаи докторӣ, 10 номзадӣ

2000 - 1 рисолаи докторӣ, 16 номзадӣ

2001 - 3 рисолаи номзадӣ

2002 - 3 рисолаи докторӣ, 24 номзадӣ

2003 - 4 рисолаи докторӣ, 4 номзадӣ

2004 - 4 рисолаи докторӣ, 25 номзадӣ

2005 - 2 рисолаи докторӣ, 5 номзадӣ

2006 - 4 рисолаи докторӣ, 26 номзадӣ

2007 - 4 рисолаи докторӣ, 20 номзадӣ

2008 – 7 рисолаи номзадӣ

2009 - 1 рисолаи докторӣ, 17 номзадӣ

2010 – 2 рисолаи докторӣ, 16номзадӣ

2011- 1 рисолаи докторӣ, 22 номзадӣ

2012 – 2 рисолаи докторӣ, 27 рисолаи номзадӣ

2013 – 2 рисолаи докторӣ, 22 рисолаи номзадӣ

2014- 7 рисолаи номзадӣ

2015-1 рисолаи докторӣ, 15 рисолаи номзадӣ

2016-11 рисолаи номзадӣ

2017 то имрўз -1 рисолаи докторӣ, 15 рисолаи номзадӣ