Соли 1993 чун ду кафедраи мустақил: кафедраи таърих ва назарияи мусиқии Шарқ ва кафедраи санъати мусиқии муосир арзи вуҷуд кардааст. Соли 1996 ду кафедра муттаҳид карда шуд. Аз соли 2012 ҳамчун кафедари таърих ва назарияи мусиқӣ амал мекунад.

Дар солҳои мавҷудияташ ба кафедра устодони зерин роҳбарӣ кардаанд: дотсент Ф. Ӯлмасов (1993-94), муаллими калон Б. Саидкаримов (1994-1998), номзади илмҳои санъатшиносӣ С. Худойбердиев (1998-2004), омӯзгори калон А. Султонова (2004-07), профессор Н. Ҳакимов (2007-2009), н.и.т.. дотсент Р. Аминҷонов (2009-2012), н.и.т., дотсент Саидкаримов Б. А. (аз 2012-2018), н.и.санъатшиносӣ, профессор Худойбердиев С. (аз соли 2018). Аз соли 1993 то 2003 дар кафедра ихтисосҳои мусиқишиносӣ-шарқшиносӣ ва санъати иҷрокунандагии аврупоӣ бо бахшҳои фортепианои махсус ва сарояндагии академӣ амал менамуданд.

Дар кафедра аз руйи ихтисоси санъати мусиқӣ мутахассисон омода карда мешавад ва дарсҳои умумитахассусии бахши мусиқии факултет гузашта мешавад.

Дар кафедраи таърих, назария ва методикаи таълими мусиқӣ ба номи профессор Ҳакимов Н. Ғ.– муҳаққиқон-олимони мусиқии точик н. и. санъатшиносӣ, н.и.с., профессор Худойбердиев С., н.и.т., дотсент Аминчонов Р.Н., н.и.т., дотсент Саидкаримов Б., омӯзгорони калон Умарова Х.Ҳ., Ҳамдамова Н. Ғ. ва дигарон фаъолият доранд.

Фаъолияти кафедраи мазкур дар самти тайёр намудани мутахассисони таърих ва назарияи мусиқӣ равона карда шуда, аз тарафи олимони кафедра дар ин солҳо монографияҳои илмӣ, китобҳо ва дастурамалҳои таълимӣ таълиф ва чоп карда шудааст, ки дар рушди илми мусиқишиносии тоҷик мавқеи шоиста дорад. Бо ташаббуси профессор Ҳакимов Н. Ғ. соли 2003 дар Исфара симпозиуми байналхалқии «Шашмақом» ташкил ва гузаронида шуд. Устодони кафедра Ҳакимов, Н.Ғ., Худойбердиев С. мунтазам дар чорабиниҳои илмӣ-фарҳангии ҷумҳуриявӣ, байналхалқӣ ширкат варзида бо гузоришу мақалоҳояшон баромад менамоянд.