В июне 1932 года на базе существующих в Худжанде двухгодичных курсов по подготовке учителей средней школы был создан Высший педагогический институт. В декабре 1938 года Указом Президиума Верховного Совета республики Таджикистан институту было присвоено имя С.М.Кирова.

В первом учебном году было всего два отделения: химико – биологическое(14), и физико – математическое (14), где обучалось всего 28 студентов

В январе 1933 года была создана кафедра химии – биологии и первой заведующей кафедрой была назначена химик, профессор А.А. Диброва.

С сентября 1933 года до октября 1934 года кафедру химии – биологии возглавлял ботаник, профессор Б.М. Комаров.

В сентябре 1934 года были открыты 2 кафедры: кафедра химии (зав. кафедрой А.А. Диброва) и кафедра биологии (зав.кафедрой Б.М. Комаров). С этого времени химико– биологическое отделение стало называться факультетом природоведения и химии. Со дня создания кафедры на факультете большое внимание стали уделять научно – исследовательской работе. При поддержке ректората и стараниями ученых, преподаватели кафедры приобрели необходимые учебные оборудования для лабораторий, и тем самым они упрочили и стабилизировали свою научную базу. На протяжении двух лет с момента создания факультета лаборатории приобрели оборудования на сумму 88. 771 рубль 66 копеек. Из них: кафедра химии (1318), кабинет ботаники (358), кабинет зоологии (679), кабинет геологии (500) перечня необходимых учебных принадлежностей.

В 1936 году коллектив института подвел итоги четырехлетнего напряженного труда. Состоялся первый выпуск специалистов, 15 студентов успешно сдали госэкзамены и получили диплом о высшем образовании. Из них 9 студентов были выпускниками факультета химии – биологии.

В 1936 году появилась необходимость в создании факультета химии и он просуществовал до 1943 года. За эти годы он выпустил 36 специалистов, среди которых были 30 студентов – таджиков.

В 1938 году утвердили должность декана факультета и до 1945 года деканом факультета была А.А. Диброва.

С 1944 года по 1956 год факультет химии – биологии был объединен с факультетом физики - математики и назывался факультетом природоведения и физики – математики.

В разные годы деканами факультета были: 1945 – 1946гг. - ботаник А.А. Атаев, 1946 – 1947гг. – биолог К.Назаров, 1948 – 1956гг. – физик Т.Х. Хомидов.

В 1956 – 1957гг. факультет природоведения возглавлял В.Ш. Шамсиев.

В 1957 – 1958 учебном году на факультете было открыто отделение географии. С этого времени факультет стал называться факультетом природоведения и географии. В последующие годы факультет возглавляли: Р. Каримов (1956 – 1962); Носирова Р.А. (1962 – 1968); Дадабаева О.(1968 – 1969); А.С. Саидов (1969 – 1973); Касымов Х.К. (1973 – 1974); Туракулов И. (1974 – 1979); Х.Г. Очилов (1979 – 1985); Хомидов Б. ( 1986 – 1987); Б.М. Хайдаров (1988 – 1993).

В 50–е годы прошлого века в Ходжентском районе (ныне Б.Гафуровский район) в Сомгаре по инициативе декана факультета Р.Каримова, преподавателей К. Назарова, Р. Норматова, декана факультета физики – математики А.М.Курбанова и при поддержке директора института П.Х. Хамрокулова (1959 – 1965) при факультете был создан опытно – производственный участок (позднее агробиологическая станция).

В 1993 году в связи с преобразованием института в университет (13.06.1991г.) факультет географии отделился от факультета природоведения и физики – математики и стал называться факультетом природоведения. С сентября 1992 года по февраль 1993 года исполняющим обязанности декана был назначен Т.Х. Хабилов. В 1993 – 1996гг. факультет возглавлял Н.Хакимходжаев.

В апреле 1996 года факультет химии отделился от факультета природоведения и до ноября того же года факультет возглавлял Хакимходжаев Н.Х.. Факультет географии присоединился к факультету природоведения и стал называться факультетом биологии – географии. Деканом факультета был назначен И.Т.Туракулов. В ноябре 1996 года факультеты географии, природоведения, химии были объединены в один факультет, который стал называться факультетом естественных наук. Деканом факультета до декабря 2000 года был назначен И. Туракулов. В последующие годы деканами факультета были ученые Каримов С.Б. (2000 – 2008гг.) и Бабаджанова М. (2008 – 2010гг).

В январе 2011 года факультет разделился на 2 части: география – экология и биология – химия. С января 2011 года до января 2013 года деканом факультета была Бабаджанова М., а с января 2013 года по март 2016 года факультет возглавлял М.И. Сабуров. С марта 2016 года по настоящее время деканом факультета является Мирзобаходурова Ш.Р.

Кафедра химии, которая с сентября 1934 года существовала как самостоятельная кафедра, осенью 1939 года была разделена на 2 кафедры: кафедра неорганической химии (зав.кафедрой А.А. Диброва) и кафедра органической химии (зав.кафедрой Л.Ш. Раджабов).

Осенью 1940 года эти кафедры опять объединились и кафедра стала называться кафедрой химии (зав. кафедрой: до переезда на Украину 1945г. – А.А. Диброва; 1946 – 1948гг. – А.С. Сулейманов; 1948 – 1952гг. – М.А. Ализаде; 1952 – 1956гг. – А.С. Сулейманов; 1956 – 1963гг.- М.А. Ализаде; 1964 -1973гг. – Х.К.Касымов; 1974 1975гг.- Р.К. Каримов; 1975 – 1980гг. – М. Мухиддинов; 1980 – 1992гг. –Н. Хакимходжаев; 1993 – 1995гг. Р. Ахунов.

Спустя 56 лет после ликвидации кафедра химии в январе 1996 года была разделена на 2 самостоятельные кафедры: общая химия и методика его преподавания (зав.кафедрой: 1996 – 1999гг. – Р. Ахунов; 1999 - 2004гг. Н. Хакимходжаев; 2004 – 2012гг.- Р. Ахунов; с ноября 2013 года по настоящее время – З.С. Ахмедова) и кафедра органической и практической химии ( зав.кафедрой: 1996 – 2008гг. – М.С. Мухаммеджанов; с июля 2008 года по декабрь 2010 года – А.А. Джумаев; с января 2011года по февраль 2013 года – С.Н. Хакимходжаев; с марта 2013 года по сентябрь 2014 года - Д.А. Артикова). С сентября 2014 года по настоящее время заведует этой кафедрой Х.И. Тиллобоев.

В 1936 году с кафедры биологии была отделена кафедра ботаники (зав. кафедрой Б.М. Комаров). Заведование кафедрой было возложено на профессора А.В.Бурсева. Основатели кафедры химии, биологии, ботаники – профессоры А.А.Диброва и Б.М. Комаров внесли огромный вклад в развитии природоведческих наук Таджикистана. В течении многих лет они большое внимание уделяли воспитанию педагогических кадров. В 1934 году в городской газете вышла статья Комарова Б.М. под названием “Привлечение студентов к научно – исследовательской работе”. Б.М. Комаров 27 лет, до ухода на пенсию в 1959 году, заведовал кафедрой ботаники. В дальнейшем этой кафедрой заведовали: 1959 – 1977гг. – Атаев А.А.; 1977 – 1978гг. – Г.А. Домишлинес; 1978 – 1982гг. О.Дадабаева; 1982 – 1997гг. – М. Таджибаев; 1997 – 1999гг. – Бабаджанова М.. В 1999 году кафедра стала называться кафедрой ботаники и физиологии растений. С 2009 года по апрель 2004 года каферой заведовала Р. Хакимова. С апреля 2014 года по настоящее время заведует кафедрой Е.Р. Хамидов.

При кафедре имеется гербарий. Гербарий имени Б.М. Комарова был основан еще в начале 1932 – 1933 учебного года. Сегодня в его фонде более 75 тысяч видов растений, в основном эта коллекция собрана учеными Б. Федченко, Б.М. Комаровым, О. Дадабаевой, И. Туракуловым и Гаффаровым Г.. Гербарий как учебно – методический центр широко используется студентами, аспирантами, соискателями, преподавателями, научными работниками в процессе обучения и научных исследований.

В 1937 – 1938гг. кафедра биологии была разделена на 2 кафедры – кафедра дарвинизма (зав. кафедрой профессор А.В. Бурсев) и кафедра зоологии (зав. кафедрой профессор М.Ф. Коновалова). В годы Великой отечественной войны кафедра биологии была объединена с кафедрой природоведения. А после войны эта кафедра была разделена на 2 кафедры – кафедра ботаники ( зав. кафедрой Б.М.Комаров) и кафедра зоологии (зав. кафедрой: М.Ф. Коновалова, С.Ю. Мадаминов, И.М. Уткина, В.М. Веретенникова, Ю.Д. Данияров). В 1968 году с кафедры зоологии была отделена кафедра анатомии, физиологии и школьной гигиены (первая зав. кафедрой к.м.н. М.К. Маллаходжаев; в дальнейшем – Г.К.Мухаммедов, А.Б. Мухиддинов, К.Хабилов), а с 1996 года кафедра опять была объединена с кафедрой зоологии и стала называться кафедрой зоологии и физиологии человека и животных (зав. кафедрой: М. Мухаммедкулов, З.К. Домуллаева, С.Б. Каримов, Ш.Р. Мирзобаходурова и с августа 2016 года по настоящее время по приказу ректора университета заведует этой кафедрой М. Мухаммедкулов.

При кафедре имеется музей имени Р.А. Мирзобаходурова, который был основан еще в 1932 – 1933 учебном году. В настоящее время в его фонде свыше 5200 экспонатов. В создании музея огромный вклад внесли первые специалисты – зоологи М.Ф. Коновалова и С.Ю. Мадаминов; далее Р.А. Мирзобаходуров и Т. Ахмедов. Музей играет огромную роль в экологическом и эстетическом воспитании местных и зарубежных студентов.

В конце первой половины 1969 года на факультете природоведения и географии была организована кафедра методики преподавания природоведения и географии. Первой заведующей этой кафедры была назначена Дадабаева О. В дальнейшем заведовали этой кафедрой Р.А. Мирзобаходуров и Г.К. Мухаммедов.

В 1992 году эта кафедра стала называться кафедрой методики преподавания биологии. А с 1998 года стала называться кафедрой общей биологии и методика его преподавания, далее кафедрой общей биологии и защиты природы ( зав. кафедрой: И.Т. Туракулов, Г.Гаффаров, С.Б. Каримов, Е.Р. Хамидов).

В январе 2011 года эта кафедра возобновилась под названием кафедра биологии и методика его преподавания (и.о. зав. кафедрой Х.О. Хидиров, Е.Р. Хамидов) и с ноября 2014 года по настоящее время С.Б. Каримов.

Сегодня в двух отделениях факультета существует 5 кафедр: кафедра общей биологии и методика его преподавания, кафедра органической и практической химии, кафедра ботаники и физиология растений, кафедра зоологии и физиология человека и животных, кафедра ботаники и методика его преподавания. На факультете работают 3 доктора наук, профессоры, 22 кандидатов наук, доцентов и 17 преподавателей. При кафедрах существуют научные семинары профессоров и преподавателей: “Наука и жизнь”, “Химия и промышленность”, “Ботаник”, “Биология 19 века”, “Орнитолог”; научные кружки студентов: “Молодой химик”, ”Химик”, “Ботаник” , ”Зоофизиолог” и “Методист”.

Если в год создания университета на факультете было всего 14 студентов, в настоящее время на дневном и заочном отделениях по специальности «Химия», «Биология», « Медико- биологические работы» учатся 1645 студентов, бакалавров, магистрантов (дневном-890, заочном-710, магистрантов- 45).