Музей был основан в 1982 году, в канун 50-летия университета. (Государственный педагогический институт имени С.М.Кирова). Он был основан А.З. Дуном и Войченко и до 2002 года находился в их распоряжении. С 2002 по 2004 годаФайзуллоев заведовал музеем. Музейвновь был переоформлен с 2002 в честь70-летия Худжандского Государственного Университета имени академика Бободжона Гафурова, нынепостроенного нового здания, соответствущегопредметным требованиям исторических и астрономических музееведений. В нём собрано более 2500 тысяч произведений и экспонатов. За 70-летний период (2002 г.) для 15 факультетов было создано 15 стендов, хранилищ и витрины, в которые помещены данные по исследованиямистории факультетов и кафедр, а также для межфакультативных кафедр и руководства Университета.
Отдельный стендоформлен и посвящёнприезду Президента Республики Таджикистан, Лидера нации Эмомали Рахмона. В честь героев Великой Отечественной войны оформлены стенд и несколько витрины, а такжев оставшихся стендах университета можно получить множествоисторических сведений об университете.
Наш музей в честь 70-летия высоко оценен Уважаемым Эмомали Рахмоном и занесен в музейную книгу.
Музей Университета начал действовать с16 марта 2018 года, накануне Международного фестиваля Навруз на первом этаже учебного корпуса № 1 под руководством кандидата исторических наук, доцента Юлдошева Рустама.Много гостей из Республики Узбекистан посетили музей. В частности, ректор Государственного университета Самарканда, профессор Холмуродов Рустам Ибрагимович, доцент Андижанского государственного университета им. Бабура, профессор Расулов Бахтиёр с учеными этого университета М.Хакимова, Д.А.Набиева, Ф.Алимов и другие. Они оставили свои записи о своих впечатлениях.

В этот период музей посетили американские ученые, группа представителей американского посольства в Душанбе. В состав делегации входили ученые из Университета Пенсильвании США, профессор, который в настоящее время работает в школахРеспублики Таджикистан. Группа иностранных гостей под руководством представителя посольства США в Таджикистанепосетиламузей. Следует отметить, что сегодня в музее университета можно встретить бывших выпускников вуза, преподавателей и студентов , которые в настоящее время учатся и работают в ХГУ. Также наблюдаетсяих большой интерес к 85-летней истории университета.
Сегодня музей продолжает процесс сбораисторических экспонатов. Например
- Музей постоянно проводит усилия по воспитанию молодежи в духе патриотизма, самоуважения и национальной гордости;
- материалы о ветеранах университета, которые работают в ВУЗ-е е много лет;
- новые произведения, творчества ученых университета ;
- в целях совершенствования музей сотрудничает сархеологическим музеем и архивами;
- музей планирует в новом учебном году организовать новые альбомы о деятельности молодежи, совета женщин университета и ветеранов труда;

- в музей продолжается сбор информаций и материалов о бывших выпускниках, заслугах в республике, зарубежом и в международном уровне.