Первичная профсоюзная организация Худжандского государственного университета имени академика Б. Гафурова, далее профком, проводит работу по выполнению решений вышестоящих профсоюзных органов и вместе с администрацией ХГУ выполняет работу по повышению эффективной деятельности всех подразделений университета.

Профком университета руководствуется в своей работе Конституцией РТ, Законами «Трудового кодекса РТ», законами «Об образовании», «О профессиональных союзах», «О социальном партнерстве в РТ», «О жилищных отношениях», «Об общественных объединениях» и другими законодательными актами, а так же Уставом профсоюза работников образования и науки, Генеральным Соглашением, заключенным между Правительством РТ и Республиканскими объединениями профсоюзов, Республиканскими объединениями работодателей, Отраслевым Соглашением между Министерством образования и науки.

Профком университета строит свою работу на принципах социального партнерства с администрацией университета, направляя свои усилия на укрепление трудовой дисциплины университета, совершенствованию механизма нормирования и оплаты труда, добиваясь через тарифные соглашения и коллективные договора обеспечения трудовых прав и гарантий работающих.
Ежемесячно проводит заседания профкома с рассмотрением ключевых вопросов профсоюзной работы, улучшения деятельности подразделений университета.

Профком ХГУ определил для себя следующие задачи:представлять и защищать в установленном законом порядке профессиональные, экономические, социальные интересы, культурные права и свободы членов коллектива, содействовать улучшению жилищно-бытовых условий и выполнению норм по охране труда и технике безопасности;
отстаивать согласованные позиции профсоюзных организаций области в отношении социально-экономической ситуации, общественно-политических событий в стране;
направлять усилия на соблюдение работниками Устава ВУЗа и Правил внутреннего трудового распорядка, на полное и качественное выполнение трудовых обязанностей;
активно содействовать администрации в урегулировании трудовых споров, конфликтных ситуаций, в нормализации морально-психологического климата в коллективе;
содействовать администрации в исполнении Договора трудового коллектива с ректором;
коллегиально и гласно рассматривать все вопросы на совместных открытых заседаниях профсоюзного актива; оказывать работникам бесплатную юридическую помощь;
проводить совместно с работодателем культурно-спортивно-массовые мероприятия, посвященные национальным, государственным и профессиональным праздникам;
устройство детей сотрудников в д/ясли-сад; выделять денежные средства;
на организацию семейного отдыха работников ВУЗа; на приобретение санаторно-курортных, в зоны отдыха и детских путевок; на проведение культурно-массовых мероприятий в профгруппах;оказывать материальную помощь работникам в случае их болезни и смерти близких родственников;поощрять грамотами и премиями членов профсоюза за общественную работу.

Важнейшими направлениями в работе профкома являются: мобилизация членов профсоюза университета на улучшение производственно-экономических и социальных задач факультетов университета;материального стимулирования всех членов университета;обеспечения занятости;охрана труда преподавателей и сотрудников университета, создание необходимых условий для их производственной деятельности, отдыха и быта;контроль за соблюдением законодательства о труде. Накоплен опыт в организации оздоровления детей преподавателей и сотрудников университета.