Отдел дистанционного обучения (бывший отдел заочного обучения) был создан в 1937 году. Первоначально заочное обучение было организовано на трех факультетах - Таджикский язык и литература, химия-биология и история, учились 290 студентов. Рахим Али является первым заведующим заочного отдела, согласно документам, хранящимся в областном архиве (№264). Далее Алимухамедов А., Курбонов А., Максудов Т., Мухамедов Г., Джумаев Р., Асадуллоев С., Литвинова С. В. были заместителями директора по заочному обучению, Мирхайдаров Х., Мирзакулов Т., Ульмасов М., Рагимов А.И. Сатторов А. как заместитель ректора заочного отделения и Рахмонов З.П. работал заведующим отделом заочного обучения. С апреля 2011 года заведующим отделом является кандидат филологических наук, доцент Махмадшоев М.М.

По направлению дистанционного обучения (бывший отдел заочного обучения) работают на 15 факультетах по 30 специальностям. На сегодняшний день количество студентов заочного отделения в университете составляет 10240 человек.

В университете обучаются 1621 студенты дистанционного обучения, которые работают в области преподавания в общеобразовательных школах. Процесс проведения практики постоянно контролируется отделом образования. Практиканты организуют интересные мероприятия и увлечения, посвященные историческим датам, праздникам и мероприятиям исторических личностей. В соответствии с «Положением об исключении, восстановлении и переводе студентов высших учебных заведений Республики Таджикистан» (Приказ Министра образования и науки Республики Таджикистан от 15.07.2016 г.), приказом ректора университета и графиком деятельности Экспертной комиссии, заведующие отделами управления качеством образования, дистанционное образование, деканы факультетов, юристы и секретари университета. Посещаемость студентов заочного отделения регулярно проверяется сотрудниками этого отдела, а также в консультационном и регистрационном центре. Посещаемость студентов заочного отделения на уровне университета за данный период составила 91,4%.

Дистанционное обучение. Худжандский государственный университет имени академика Бободжона Гафурова проводит работу по подготовке компетентных специалистов посредством дистанционного обучения с целью выполнения поручений Президента Республики Таджикистан, основоположника мира и национального единства. Согласно приказу Министерства образования и науки Республики Таджикистан (№ 05/01 от 19.08.2015 г.), с учетом глобализации системы высшего образования, подготовки высококвалифицированных кадров путем дистанционного обучения, по приказу ректора университета 01 сентября 2017 года на базе заочного отделения начал работу отдел дистанционного обучения. Страница сайта дистанционного обучения используется на веб-сайте университета, где все студенты системы имеют адреса электронной почты и пароль. Чтобы познакомиться с этой системой, в первую неделю сентября, согласно учебному плану, были введены учебные пособия. В учебном корпусе № 3 функционирует компьютерный класс с 18 компьютерами, который будет использоваться студентами в течение учебного года. Отдел также организовал учебные курсы для студентов, которые испытывают трудности с пониманием системы или которые не в состоянии использовать современные технологии. Главный специалист кафедры А. Абдуллоев разработал и опубликовал учебное пособие «Дистанционное обучение в Moodle», которое станет руководством для преподавателей и студентов.В целях интеграции учебных материалов в систему дистанционного обучения в этих областях определены темы дипломной работы выпускников факультета телекоммуникаций и информационных технологий, и выпускники в течении 16 недель разместили различные учебные материалы в информационной системе дистанционного обучения: короткие лекции; материалы практических и лабораторных занятий; материалы для СРСП и СРС; а также тестовые задания.

По предложению Министерства образования и науки Республики Таджикистан, имя домена СТФ был переименованв www.fosilavi.hgu.tj, и первая страница сайта соответствует требованиям правил дистанционного обучения. В соответствии с Положением и учебными планами различных специальностей студенты первого курса дистанционного обучения, приезжают с 22 по 3 января 2018 года, чтобы проконсультироваться и сдать экзамены в первом туре. Успеваемость студентов на экзаменах составил 87%. Экзамены проводились в Тестовом центре университета, а также в учебном здании № 3 с использованием системы дистанционного обучения Moodle. В соответствии с учебным планом этих специальностей студенты дважды приглашаются для участия в текущем учебном году. В соответствии с планом работы отдела на текущий учебный год проводится несколько семинаров и консультаций по текущему состоянию и перспективам дистанционных систем, проблемам и решениям с преподавателями, администраторами. Кроме того, преподаватели общеуниверситетских факультетов подготовили видео- и аудиоматериалы к новому учебному году в области дистанционного обучения. Отдел дистанционного образования для реализации пункта 42 - «Положение о дистанционном обучении в высших учебных заведениях Республики Таджикистан» о профессиональной компетентности преподавателей, инженерно-технического персонала, педагогического и вспомогательного персонала, который организовалкурс по повышении квалификации,согласно которому в тренинге приняли участие 66 преподавателей с разных факультетов, и были награждены сертификатами.