Отдел аспирантуры Худжандского государственного университета имени академика Бободжона Гафурова был открыт на основании решения Совета образования и науки Республики Таджикистан за№ 2-12 в 1993 году. Отдел аспирантурыфункционирует с августа 1993 года и в настоящее время готовит научные кадры и высококвалифицированных специалистов. Заведующими отдела были с начала до 2011 года. Г.М. Каримова, Ф.Ганиев, Ф.Очилова и М.Т.Каримова. С апреля 2011 года заведующим являетсякандидат филологических наук, доцент Г.С. Махкамова.

Аспирантура университета готовит специалистов в области математики, физики, химии, истории, географии, филологии, педагогики и экономики. В связи ссовершенствованием учебной программы и с учетом требований кафедр васпирантуре были введены новые специальности. В настоящее время в аспирантуреготовят по 26 специальностям молодые научные кадры с ученой степенью. Научными руководителями научных работ аспирантов являются профессора и доктора наук. Более 50 докторов науки кандидатов наук являются научными руководителями аспирантов и соискателей ученых степеней. Отдел аспирантуры с целью привлечения способных и одарённых кадров решает исследовательско-практическиезадачи. Аспиранты, которые выполняют индивидуальные планы в срок и достигают значительныхуспехов, получают стипендии Президента Республики Таджикистана и Председателя Согдийской области.

В соответствии с приказом Министерства образования и науки Республики Таджикистан от 13 июня 2008 года, была открыта докторантура по семиспециальностям 01.01.01 - Математический анализ, 01.04.01 Экспериментальная физика, 01.04.07 Физика твердых материалов, 10.01.03 - Литература зарубежных стран (Таджикская литература), 10.02.22 - Языки иностранных государств Европы, Азии, Африки и народов Соединенных Штатов Америки и Австралии (таджикский язык),07.00.02-История Отечества, 13.00.02 –Теория и методика преподавания и воспитания (по специальностям).

В Худжандском государственном университете имени академика Бободжона Гафурова в соответствии с приказомминистра образования и науки Республики Таджикистан от 27.04.2015 г. За № 1015 была открыта докторантура по специальности. В докторантуре университета принимаются по 20 специальностей граждане с академической степенью «магистр». Докторантура по специальности служит для подготовки высококвалифицированных научных, научно-педагогических кадров с научной степенью «доктор философских наук (PhD)», «доктор по специальности».

Аспирантура и докторантура позволяют осуществлять непрерывное образование, повышать научную, образовательную и научную квалификацию граждан и получить ученую степень кандидата или доктора наук.

Количество защищенных диссертаций на соискание ученой степени и докторских диссертаций по годам:

1993 г. - 2 докторских диссертации, 10 кандидатских.

1994 - 1 докторская диссертация, 10 кандидатских

1995 г. - 1 докторская диссертация, 5 кандидатских

1996 г. - 3 докторские диссертации, 12 кандидатских,

1997 г. - 17 кандидатских диссертаций

1998 г. - 1 докторская диссертация, 7 кандидатских

1999 г. - 2 докторских диссертаций, 10 кандидатских

2000 г. - 1 докторская диссертация, 16 кандидатских.

2001 г. - 3 кандидатских диссертации

2002 г. - 3 докторские диссертации, 24 кандидатских.

2003 г. - 4 докторские диссертации, 4 кандидатских

2004 г. - 4 докторских диссертации, 25 кандидатских.

2005 г. - 2 докторская диссертация, 5 кандидатских

2006 г. - 4 докторских диссертации, 26 кандидатских

2007 г. - 4 докторских диссертации, 20 кандидатских

2008 г. - 7 кандидатских диссертаций

2009 г. - 1 докторская диссертация, 17 кандидатских

2010 - 2 докторские диссертации, 16 кандидатских

2011 г. - 1 докторская диссертация, 22 кандидатских диссертаций

2012 - 2 докторские диссертации и, 27 кандидатских диссертаций

2013 - 2 докторские диссертации, 22 кандидатских диссертаций

2014- 7 кандидатских диссертаций

2015-1 докторская диссертация, 15 кандидатских диссертаций

2016-11 кандидатских диссертаций

2017 по сегодняшний день - 1 докторская диссертация, 15 кандидатских диссертаций