Шӯъбаи робитаҳои байналмилалӣ бо масъалаҳои ба роҳ мондан ва густариш додани шаклҳои гуногуни ҳамкории Донишгоҳ бо марказҳои илмӣ-таҳқиқотӣ ва мактабҳои олии кишварҳои мухталифи ҷаҳон, сафоратхонаҳо ва муассисаҳои байналмилалӣ, ҳамчунин мусоидат намудан барои таҳсил ва бақайдгирии донишҷӯёне, ки аз хориҷаи дуру наздик дар Донишгоҳ таҳсил менамоянд, машғул аст. Дар Донишгоҳ аз ҷумҳуриҳои ӯзбекистон, Туркманистон, Қирғизистон, Қазоқистон, ҷумҳурии Исломии Эрон, ҷумҳурии Кореяи ҷанубӣ, Афғонистон, Туркия донишҷӯёну магистрон ва унвонҷӯён таҳсил менамоянд.

Донишгоҳи давлатии Хуҷанд ба номи академик Б.Fафуров бо донишгоҳҳои хориҷи дуру наздик шартнома бастааст, аз ҷумла бо Донишгоҳи аграрии Пекин (Хитой), Донишгоҳи педагогии Синтзян (Хитой), Донишгоҳи давлатии иқтисодиёт, омор ва информатикаи Москва (Русия), Донишгоҳи давлатии миллии радиоэлектронии Харков (Украина), Донишгоҳи давлатии Ош (ҷумҳурии Қирғизистон), Донишгоҳи давлатии Боткент (ҷумҳурии Қирғизистон), Донишгоҳи ба номи Неру (Ҳиндустон), Донишгоҳи миллии Қазоқистон ба номи ал-Форобӣ, Донишгоҳи Гумболд (Олмон), Донишгоҳи Салоников (Юнон), Маркази илмӣ-таҳқиқотии Юлих (Олмон), Донишгоҳи давлатии Қазон (Русия), Донишгоҳи давлатии техникии Қирғизистон ба номи Исоқ Раззоқов (Қирғизистон), Донишгоҳи Даугавпилси Латвия (Латвия), Донишгоҳи Русӣ-Тоҷикӣ (Славиянӣ) (Тоҷикистон), Донишкадаи иқтисод ва савдои Донишгоҳи давлатии тиҷоратии Тоҷикистон (Тоҷикистон).

Ҳамчунин Донишгоҳ бо Шӯъбаи робитаҳои ҷамъиятии Сафоратхонаи ИМА дар Тоҷикистон, фонди Оғохон, Сафоратхона ва ройзании фарҳангии ҷумҳурии Исломии Эрон, Сафорати ҷумҳурии Федеративии Олмон, Сафорати Федератсияи Русия, Институти адабиёти ҷаҳонии ба номи М.Горкий ва Институти шарқшиносии АИ Федератсияи Русия, ташкилотҳои байналхалқии сершумор, аз ҷумла хазинаҳои «Оғохон», ташкилотҳои байналхалқии ACCELS, IREX, DAAD, GIZ, ACTED, UNESCO, EUROASIA ва ғайраҳо робитаҳо барқарор намудааст.

Дар солҳои охир (2008-2015) Донишгоҳ зимни иштирок ва татбиқи 15 лоиҳа аз рӯи барномаи байналхалмилалӣ TEMPUS, зери унвонҳои «CANQA «Шабакаи осиёимиёнагии таъминоти сифат», «PROTRAINING-Такмили ихтисоси омӯзгорони низоми кредитӣ», «EPASAT – Ҳифзи муҳити зист ба воситаи тараққиёт ва истифодабарии агротехнология дар он», «EDUCA – Таҷаддуд ва инкишофи барномаҳои таълимӣ аз фанни педагогика ва менеҷмент дар низоми таҳсилоти Осиёи Марказӣ», «MEDIATE - Магистратура аз информатика ва телекоммуникатсия», «TEMPUS-QUADRIGA-Чаҳорчӯбаи тахасусмандӣ дар Осиёи Марказӣ дар асоси принсипҳои Болониявии ҳамоҳангсозии минтақавӣ», ҳамчунин аз рӯи чанд лоиҳаи барномаи байналмилалии ERASMUS MUNDUS зери унвонҳои «MANECA» ва «TOSCA 1-2», Erasmus Mundus Silkroute ва Erasmus Mundus Canem гузашта аз ин, дар давраи нави озмун бо се лоиҳои TEMPUS, TEMPUS –FLEPP, TEMPUS – UNIVIA ва TEMPUS – PROMIS ва дар доираи ин барномаҳо бо як қатор донишгоҳҳои Осиёи Марказӣ ва Қазоқистон, аз ҷумла бо 60 мактабҳои олӣ ва ташкилотҳои кишварҳои хориҷии Аврупо ҳамкорӣ менамояд. Дар чаҳорчӯбаи шартномаҳои ҳайъати консортсиумҳо Донишгоҳ бо мактабҳои олии Аврупо, аз қабили Донишгоҳи техникии Берлин, Донишкадаи олии педагогии Людвисбург ва Донишгоҳи техникии Дрездени Ҷумҳурии Федеративии Олмон, Донишгоҳи педагогии Вилнюси Литва, Донишгоҳи фалсафа ва педагогикаи Нитраи Словакия, Донишкадаи техникии олии ДеНайер-Мехелен ва Донишгоҳи Брюссели Белгия, Донишгоҳи Сантяго де Кампастелаи Испания, Донишгоҳи фанҳои табиии Варшава ва Донишгоҳи Адам Митскевич Полша, Донишгоҳи Пйер Мендеси Фаронса, Донишгоҳи технологии Салоникови Юнон, Донишгоҳи Л.Акюлаи Италия, Донишгоҳи фанҳо ва захираҳои табиии Австрия, Донишгоҳи Бораси Сербия, Донишгоҳи Фарои Португалия ва ғ. ҳамкорӣ намуда, ҷиҳати татбиқи раванди Болония, ислоҳоти маориф ва ворид шудан ба фазои ҷаҳонии таҳсилот кӯшиш менамояд. Тибқи ин барномаҳо беш аз 200 нафар омӯзгорон, аспирантону унвонҷӯён, магистрантон ва донишҷӯёни Донишгоҳ аз рӯи натиҷаҳои озмун ҷиҳати такмили ихтисос, таҳқиқоти илмӣ ва ё таҳсил дар давоми 1-3 ё 10 моҳ ба бархе аз донишгоҳҳои мазкури Аврупо сафар намуданд.

Шӯъбаи робитаҳои байналмилалӣ ба воситаи ҳамкорӣ бо сафоратҳову ташкилотҳои байналмилалӣ ҷиҳати дастрас намудани иттилооти зарурӣ оид ба барномаҳову озмунҳо ба устодону донишҷӯён ёрии амалии худро мерасонад. Дар солҳои охир сафи профессорону омӯзгорон, аспирантон, коромӯз-муҳаққиқони ҷавон, донишҷӯёни факултаҳое, ки аз рӯи озмунҳои мухталиф барои таҷрибаомӯзӣ, идомаи таҳсил, корҳои илмӣ-таҳқиқотӣ ё иштирок дар ягон чорабинии байналхалқӣ, аз ҷумла конфронсу симпозиум ва фестивалҳо ба кишварҳои хориҷии дуру наздик сафар менамоянд, торафт меафзояд ва фаъолиятнокии академӣ ривоӣ меёбад.